清潔完奶嘴之後，就要進行消毒瞭，一般嬰兒奶嘴的消毒方式，可以分為煮沸法及蒸汽鍋消毒法，其消毒方式及步驟如下：
煮沸消毒法：1、準備一個不銹鋼的煮鍋，裡面裝滿瞭冷水，水的深度，要能完全覆蓋所有已經清洗過的喂奶用具。（不銹鋼鍋須消毒奶瓶跟奶嘴專用，不可與傢中其他烹調食物混用）
2、如果是玻璃的奶嘴可與冷水一起放入鍋中，等水燒開後5～10分鐘再放入奶嘴、瓶蓋等塑膠制品，蓋上鍋蓋再煮2~3分鐘後關火，等到水稍涼後，再用消毒過的奶瓶夾取出奶嘴、瓶蓋，待幹瞭之後再套回奶瓶上備用。若是塑膠的奶瓶，則要等水燒開之後，再將奶瓶、奶嘴、奶瓶蓋一起放入鍋中消毒，約再煮3～5分鐘即可，最後以消毒過的奶瓶夾夾起所有的食具，並置於幹凈通風處，倒扣瀝幹。
3、要提醒的是，塑膠制成的食具，都不宜煮久，所以建議在水滾後再放入，煮3～5分鐘即可，否則很容易變質。也可以註意奶瓶上的耐溫標示，如果不耐高溫最好使用蒸汽鍋消毒。
蒸氣鍋消毒法：市面上有多種功能、品牌的電動蒸汽鍋，傢長可以依照自己的需要來選擇，消毒的方式隻靄要遵照說明書操作，就可以達到消毒喂奶用具的目的。但需註意的是，使用蒸汽鍋消毒前，仍先將所有的奶瓶、奶嘴、奶瓶蓋等物品徹底清洗幹凈，然後再一起放入，按上開關，待其消毒完畢，會自動切斷電源。
寶寶的奶瓶消毒完成後，應將留在瓶身內的水徹底倒凈，之後倒扣瀝幹，並以消毒過的奶瓶夾，將消毒過的奶瓶、奶嘴、奶瓶蓋等，夾放置通風、幹凈處放涼備用，並蓋上紗佈或蓋子。此外，若於消毒24小時後仍舊沒有使用奶瓶，就需重新進行一次消毒工作，以免細菌滋生。寶寶每次喝完奶後，媽媽可以先用奶瓶刷將奶瓶清洗幹凈，搜集放置於奶瓶架上晾幹，待累積到一定的數量或消毒鍋可容納的大小，再一起進行消毒工作。媽媽們一次必須準備很多支奶瓶，才足以應付寶寶一天所需。將清洗後的奶瓶盛上清水放入微波爐，打開高火10分鐘即可。切不可將奶頭及連接蓋放入微波爐，以免變形、損壞。媽媽們還可以選擇奶瓶清洗劑來清洗奶瓶，這樣子會更快捷，更高效，更安全。
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