膽道閉鎖的病因尚無明確結論，早期認為該病為先天性膽管發育異常，與胚胎期第4～10周膽管系統發育停頓或紊亂有關。然而，對大量流產或早產兒膽道系統的解剖卻並未發現過膽道閉鎖，相反近年研究有更多證據支持此病為後天形成。部分病兒出生時有正常黃色大便，數周後才出現灰白