目前寨卡病毒的並發癥尚不清楚。2015年寨卡病毒高發期間，新生兒出現小頭畸形的概率增高，多與寨卡病毒感染有關。另外，自波利尼西亞發現寨卡病毒後，患者得格林—巴利綜合征的概率也增高。小頭畸形、格林巴列綜合征可能為寨卡病毒並發癥。