幹擾素的副作用常是可逆的，常見的副作用是註射數小時後患者出現感冒樣癥狀，如畏寒、發熱、乏力、頭痛、肢體疼痛、關節痛、肌肉痛、惡心、心悸等。多數病人發生在治療早期，繼續治療一段時間後會逐漸減輕。不能耐受這些副作用的病人，可在註射幹擾素後2～4小時用些解熱鎮痛