1、禁欲3～7天，精液常規分析3次以上者，精子密度低於2000萬而查不出任何病因，可考慮為特發性少精子癥。當精子密度≤l×106/ml時，可診斷為嚴重少精子癥。
2、通過詢問病史、體格檢查及其他實驗室輔助檢查（遺傳學檢查、內分泌激素測定、微生物學檢查、抗精子抗體、微量元素測定等），大多能發現引起少精子癥的病因。精液分析少精子並同時伴有引起少精子的疾病病因時，可診斷為繼發性少精子癥。
3、根據有尿頻、尿急、尿痛以及尿道燒灼樣感，以及尿道外口膿性分泌物，尿液檢查膿細胞增多，前列腺液檢查白細胞大於10/HP，以及尿培養等可確定有生殖系統炎癥。
4、免疫學檢查可以確定是否存在自身免疫，染色體核型分析可確定是否存在染色體異常。測定血清FSH、LH、T、PRL也是少精子癥檢查的重要方法，若FSH、LH低於正常，為繼發性少精子癥，PRL升高為高泌乳素血癥引起的少精子癥。
另外有些少精子癥原因不明，稱為特發性少精子癥。
與無精子癥和死精子癥鑒別：
1、無精子癥：三次精液檢查均未發現精子者為無精子癥，無精子癥又分為“先天性無精子癥”和“阻塞性無精子癥”兩種，前者指睪丸生精細胞萎縮、退化，不能生成精子;後者指睪丸能產生精子，但輸精管阻塞而不能排出精子。
2、死精子癥：精液中精子成活率減少，精液檢查中發現死精子超過40%者為死精子癥，亦稱死精子過多癥。但是因檢查方法不當或未按正常方法搜集精液，而人為造成的死精子增多，稱為假死精子癥，必須予以鑒別。
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