若不治療，大約70%～80％的患者是致命的，並且急性發病存活者常遺留嚴重的後遺癥。早期診斷和治療是降低本病病死率的關鍵，主要包括特異性的抗病毒治療，輔以免疫抑制劑治療和對癥支持治療。
1.、抗病毒化學藥物治療
1）阿昔洛韋（Acyclovir）：第二代抗病毒藥物，系鳥嘌呤的衍生物，通過抑制DNA多聚酶的作用，抑制病毒DNA復制，進而導致病毒結構蛋白（γ類多肽）合成受阻，從而發揮抗病毒作用，具有很強的抗HSV的作用。
常用劑量為：嬰兒（大於6月齡）HSE為500mg/m2，靜脈滴註，每8小時一次，療程10天。成人30mg/kg/日，分3次靜脈滴註，連用14～21天，少於10天常有復發。國際推薦治療時間為21天，若病情較重可延長治療時間或再治療一個療程。
2）更昔洛韋（Ganciclovir）：抗HSV的療效是阿昔洛韋的25～100倍，具有更廣譜的抗HSV作用和更低的副作用。用量是5～10mg/kg/日，靜脈滴註，療程10～14天。
2、免疫抑制劑治療
1）幹擾素及其誘生劑 ：幹擾素是細胞經病毒感染後產生的一組高活性糖蛋白，具有廣譜的抗病毒活性，而對宿主細胞損害極小，60×106IU/日，連續肌肉註射30天；聚肌胞可使人體產生足量的內源性幹擾素。
2）轉移因子：可使正常淋巴細胞致敏而轉化為免疫淋巴細胞，皮下進行註射，1～2次/周，每次1支。
3）腎上腺皮質激素 ：對病情危重、頭顱CT有出血性壞死灶及腦脊液紅細胞和白細胞明顯增多者可酌情使用。
3、全身支持治療
對重癥及昏迷患者至關重要，註意維持營養及水、電解質的平衡，保持呼吸道通暢。必要時給予靜脈高營養、加強生活護理，預防褥瘡及呼吸道感染等並發癥。
4、對癥治療
包括對高熱的患者進行物理降溫，抗驚厥、鎮靜、脫水降顱壓等。
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