一般來說，酸奶要經過嚴格的工藝流程，如凈乳、配料、預熱、殺菌、發酵、冷卻等，稍有不同，可能就會變質。其中，殺菌是最為重要的，目的在於除去原料乳的有害菌，改善牛乳的硬度與組織等。
殺菌要在90℃下，殺菌時間為5~10分鐘，若采用高溫殺菌，時間縮短到3~5秒。經殺菌後，待混合料冷卻，就能用來制備酸奶。在酸奶發酵過程中，由發酵劑在42～45℃的環境中進行。
如果在傢裡自制酸奶，要確保殺菌效果。牛奶必須煮沸，容器必須用開水消毒。不能使用恒溫容器，酸奶不能在45度以上發酵。不然，發酵出來的酸奶不健康。
需要提醒大傢的是，自購回來的菌種存在安全隱患，比如網購的菌種出現瞭雪蓮菌種、藏靈菇等少見的菌，安全性難以考究。購買時，記得買傢庭自制酸奶專用的類型，比如益生菌、雙歧桿菌等。
此外，自購的菌種以粉劑形式呈現，在運輸過程中由於溫度的影響，極其容易變質，記得檢查清楚，確保其安全性。檢查方法看清菌劑的成分、生產廠傢、是否有QS標志、生產日期等。不要購買小作坊制作的酸奶作為菌種，更不要重復使用菌種。
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